Ya esta... era un problema del view.php del jonijnm edition 1.2.9...
Los mensajes de los usuarios (no administradores) los ordenaba de manera ascendente. Por si les pasa, se soluciona de la siguiente forma (y en los foros de kunena no lo pudieron resolver todabia -.-)
En la linea 170 del view.php, cambien:
."\n LEFT JOIN #__fb_messages_text AS b ON a.id=b.mesid WHERE a.thread='$thread' AND a.hold=0 AND a.catid='$catid')");
por:
."\n LEFT JOIN #__fb_messages_text AS b ON a.id=b.mesid WHERE a.thread='$thread' AND a.hold=0 AND a.catid='$catid') ORDER BY time $ordering");
y listo.
Un saludo!