Para pasar a la raíz el nuevo sitio haz 1º un backup del antiguo, después mueve los archivos y carpetas de /jupgrade/ a la raíz (con fireFTP se puede cortar y pegar archivos, así lo hace en 3 segundos). Abre el archivo configuration.php para cambiar el path de logs y tmp (es decir, quítale el "/jupgrade").
Después, para kunena, no hace falta modificar la estructura de las tablas, tendrás que coger las que tienes y e insertarlas igualmente pero con el nuevo prefijo de Joomla 1.6 (si J1.5 lo tenías en jos_, habrás cogido uno nuevo para el upgrade). Y luego instalar en J1.6 la última versión de Kunena.
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