Más que programación necesitas saber sobre html, intuición y paciencia.
Los módulos los puedes poner en el index.php de la plantilla, en ./templates/plantilla/
Allí verás esto:
<jdoc:include type="modules" name="top" />
Pues si quieres añadir un módulo tienes que cambiar el TOP por una posición no usada en el index.php, por ejemplo user9. Entonces donde tú quieras:
<jdoc:include type="modules" name="user9" />
Eso sí, dónde ponerlo? Pues lo más complicado, o puedes utilizar la intuición (mirado qué hay en el index y razonando un poco dónde podría ir) o puedes ir probando poco a poco, o puedes escribirte el index.php en un bloc de notas (o frontpage, si lo tienes), cambiar
<jdoc:include type="modules" name="NOMBRE" /> por el nombre del módulo sólo, para ver dónde va cada posición y así mirarlo mejor y poder cambiarlo.
Seguramente te hará falta colocar la nueva posición en una celda de una tabla:
<td align="center" width="100%">
<jdoc:include type="modules" name="user9" />
</td>
Dónde la alineación es la que tú quieras (center, right o left) como la anchura (width, que puede ir en píxeles) o crear una nueva tabla y de nuevo en una celda:
<table width="100%">
<tr>
<td align="center" width="100%">
<jdoc:include type="modules" name="user9" />
</td>
</tr>
</table>
Table inserta una nueva tabla, tr una nueva columna, y td filas en la columna.
Así pues, ni es muy difícil ni muy fácil.