Se puede poniendo esta etiqueta dentro del head que no quieres que indexe:
<meta name="robots" content="noindex" />
Como usas Joomla, en el archivo templates/[TU_TEMPLATE]/error.php (si no existe entonces en la plantilla system), puedes añadir:
<?php if ($this->error->getCode() == '404') : ?>
<meta name="robots" content="noindex" />
<?php endif; ?>
Y si quieres que se muestre el no index cuando hay cualquier otro error (500, 401, etc) puedes poner sólo la línea central, sin las condiciones php