Estuve hace tiempo intentando hacer lo que dices, pero no sé cómo obtener la variable $_SESSION que usa Joomla.
He puesto un post en joomla.org, a ver si me responden:
forum.joomla.org/viewtopic.php?f=304&t=547126
Mientras, lo que puedes hacer es guardar en un cookie global el id del usuario. Por ejemplo, en el index.php de la plantilla, antes del </body>
$user =& JFactory::getUser();
echo '<script type="text/javascript">document.cookie=\"joomla_userid='.$user->id.'\";</script>';
Luego, en la página externa
Lo que tienes, pero con
if (isset($_COOKIE['joomla_userid']) && $_COOKIE['joomla_userid']) {