Ya que he visto que mediawiki es bastante mejor que dokuwiki (en mi opinion, a pesar de que gaste mas) he integrado mediawiki finalmente, para quien quiera integrarlo digo como hacerlo:
1 - Descargar plugin para jooomla :
www.haroldprins.nl/index.php?option=com_phocadownload&view=category&id=1:&Itemid=5
2 - Configurar el plugin :
1. Directory path: directorio exacto desde raiz '/XXX/public_html/.../' (no os olvideis la ultima barra '/', sino no funcionara)
2. Cookie domain (1.1): vacio, si se instala en subdominio entonces: '.dominio.com'
3. Cookie prefix: el mismo prefijo que hayas puesto a mediawiki (mw_ o wiki_)
4. Cookie path: ejemplo '/'
3 - Modificar archivo ( mediawiki/plugins/user/mediawikilogin.php )
Linea 35: $salt = 'Give some variable name here';
//Cambiar la variable a : $salt= 'wiki' o algo
4 - Descargar extension para mediawiki : (
www.haroldprins.nl/index.php?option=com_phocadownload&view=category&id=2:&Itemid=5 )
5 - Para instalar la extension en mediawiki copia y pega el archivo AuthJoomla2.php a : mediawiki/extensions/AuthJoomla2/AuthJoomla2.php
6 - Descarga localsettings.php (del mismo enlace que en el punto 4)
7 - Abre el archivo localsettings.php , copia su contenido , y pegalo debajo del archivo original de tu media wiki : mediawiki/LocalSettings.php
8 - Modificar lo que has copiado y pegado :
1. $wgAuthJoomla_security_key = 'CHANGE THIS VARIABLE NAME'; // La variable debe tener el mismo nombre que le habeis puesto en el paso 3
2. $wgAuthJoomla_UseExtDatabase = true;
3. Cambia los datos de tu base de datos
4. $wgAuthJoomla_domain = '
www.dominio.com/'; // Donde se encuentra localizado el index.php de tu joomla
Y listo, aviso que para subdominios creo que da algun error, lo mejoraran en las proximas versiones, por lo que no recomiendo instalarlo en subdominio.