Depende de cómo pensó el autor de la plantilla
En el index.php de la plantilla saldrá una tabla (o div seguidos) para las tres:
<table>
<tr>
<?php if($this->countModules('user1')) : ?>
<td><jdoc:include type="modules" name="user1" /></td>
<?php endif;
if($this->countModules('user2')) : ?>
<td><jdoc:include type="modules" name="user2" /></td>
<?php endif;
if($this->countModules('user3')) : ?>
<td><jdoc:include type="modules" name="user3" /></td>
<?php endif; ?>
</tr>
</table>
El problema está en que si no hay user1, el td no se muestra, así que el user2 queda en la izquierda y el user3 a la derecha. Eso puedes arreglarlo así:
<table>
<tr>
<td width="33%"><jdoc:include type="modules" name="user1" /></td>
<td width="33%"><jdoc:include type="modules" name="user2" /></td>
<td width="33%"><jdoc:include type="modules" name="user3" /></td>
</tr>
</table>
Mostrar siempre las posiciones, aunque no haya, y que cada una ocupe lo mismo (33%).
Si no lo ves, puedes subir el index.php o la plantilla a algún lado