He probado con firefox 3, IE 7 y 8 y no veo que se desforme (se baja el botón, pero no creo que estorbe nada)
Para ponerlo a la izquierda, creo que valdrá así:
Corta (línea 509)
echo '<input type="submit" name="Submit" class="button'.$class_sfx.'" value="' . $buttonValue . '"' . $buttonStyle . ' />';
Pégalo debajo de (linea 188)
echo '<form action="'.$logoutPost.'" method="post" id="mod_login_logoutform'.$class_sfx.'" style="margin:0px;">'."\n";
Corta (línea 744)
echo '<input type="submit" name="Submit" class="button'.$class_sfx.'" value="' . $buttonValue . '"' . $buttonStyle . ' />';
Pégalo debajo de (línea 599)
echo '<form action="'.$loginPost.'" method="post" id="mod_loginform'.$class_sfx.'" ';
Si es posible, con sincronizar, pero tendrías modificar por lo menos el enlace a "registrarse":
Abre /modules/mod_login/tmpl/default.php
Cambia index.php?option=com_user&task=register
Por index.php?option=com_comprofiler&task=registers